El informe del Relator Especial menciona que la violación a los derechos humanos de los indígenas se da con frecuencia en el marco de un alto grado de conflictividad, particularmente en el medio rural, el cual tiene que ver en especial con cuestiones agrarias y pugnas en torno al poder político local y regional. Las recomendaciones del Relator Especial en materia de conflictividad agraria abarcan los párrafos del número 73 al 80:

* 73. La preservación y protección de las tierras, territorios y recursos de los pueblos y comunidades indígenas, debe tener prioridad por encima de cualquier otro interés en la solución de los conflictos agrarios.
* 74. Se recomienda crear grupos de trabajo interdisciplinarios y representativos de pueblos, sociedad civil y gobierno para revisar los casos de conflictos agrarios en todo el país, a fin de proponer mecanismos adecuados de solución a cada uno de ellos, asegurando la coordinación entre los diferentes niveles de gobierno, la existencia de recursos adecuados, medidas compensatorias y el respeto a las formas de resolución de conflictos de los pueblos.
* 75. Ninguna comunidad indígena deberá ser reubicada contra su voluntad fuera de la Reserva de la Biosfera de Montes Azules. Cualquier esquema de reubicación de las comunidades asentadas en la Reserva deberá ser acordado por consenso de todas las partes.
* 76. Las comunidades indígenas deberán participar en el manejo, administración y control de las áreas naturales protegidas en sus territorios o regiones, tomando en cuenta los ordenamientos ecológicos comunitarios.
* 77. La creación de nuevas reservas ecológicas en regiones indígenas sólo deberá hacerse previa consulta con las comunidades afectadas, y el gobierno deberá respetar y apoyar la decisión y el derecho de los pueblos indios a establecer en sus territorios reservas ecológicas comunitarias.
* 78. Todo proyecto previsto en el Plan Puebla Panamá que pueda afectar a regiones y/o comunidades indígenas deberá ser previamente consultado con estas y en caso de su realización deberán ser respetados los derechos e intereses, así como la eventual participación en estos proyectos, de las comunidades.
* 79. Los grupos y comunidades indígenas deberán tener acceso prioritario a los recursos naturales con fines de consumo directo y subsistencia por encima de los intereses económicos comerciales que puedan existir.
* 80. Deberá elaborarse cuanto antes un marco jurídico adecuado para la bioprospección en territorios indígenas que respete el patrimonio cultural y natural de los pueblos indios.

De acuerdo al Relator Especial: “La vulnerabilidad de los derechos humanos de los pueblos indígenas presenta varias aristas. Se observan violaciones de derechos humanos en el marco de numerosos conflictos agrarios y políticos en las regiones indígenas, y principalmente en el contexto del sistema de procuración y administración de justicia”.